Le variant Omicron, devenu majoritaire au niveau mondial, continue à se répandre et à évoluer. Mais ses nouveaux avatars sont désormais désignés comme BA.1, BA.2, puis BA.4 et BA.5... Comment s'y retrouver ?

Samuel Alizon - Effectivement, il y a de quoi se perdre dans ce foisonnement de nomenclatures ! Les lettres grecques ont été introduites par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) en 2021 avec le variant Alpha. C'est probablement la pire des classifications, car elle a été élaborée sans prendre en compte la biologie de l'évolution. Celles de Pango ou Nextclade sont bien plus adaptées. D'ailleurs, l'OMS semble avoir arrêté ses mises à jour et regroupe sous le terme générique d'Omicron tous les variants de type BA.

Circulation des lignées de SARS-CoV-2 en France de septembre de septembre 2021 à mars 2022 (A) et fréquence des infections causées par la lignée BA.2 (B). Sofonea et coll. (2022, Emerging Infectious Diseases)

Nous avons modélisé la circulation des lignées de variants en France dans un travail récent et la première vague Omicron causée par la lignée BA.1 ressort dès fin 2021. Celle-ci a rapidement été supplantée par lignée BA.2, qui a causé une seconde vague hospitalière en avril 2022. Maintenant ce sont les lignées BA.4 et BA.5 qui prennent le pas.

Mircea T. Sofonea - Ces lignées ont été identifiées courant mai, mais elles auraient vraisemblablement émergé au cours du mois de décembre 2021 en Afrique du Sud, potentiellement à partir de BA.2, la lignée majori